Expressed Sequence Tags

00:01 Wie auch immer, ist es nicht großartig, wie wir sehen können, wie Gene mit Hilfe von Einzelnukleotid-Polymorphismen erkannt werden? Welche Gene könnten im Genom von jemandem vorhanden sein und wir wissen nicht unbedingt, was ausgedrückt werden soll.

00:17 Hier kommen die expremierten Sequenzmarkierungen (expressed sequence tags;EST) ins Spiel, mehr Sequenzen, mehr Akronyme, ESTs. Hier haben wir einen Abschnitt der DNA und er hat Introns und Exons, aber wir sind nicht wirklich an den nicht-exprimierenden Teilen in den Introns interessiert und so werden wir die Technik verwenden, mit der wir bereits vertraut sind um komplementäre DNA herzustellen, indem wir die Boten-RNA nutzen und mit Hilfe des reversen Transkriptes daraus komplementäre DNA bilden.

00:49 Und nun sind wir in der Lage die Enden der exprimierten Stücke der DNA zu sequenzieren.

00:58 Statt das gesamten Gen zu sequenzieren, was teuer sein könnte, obwohl die Preis mittlerweile sinken, früher war es sehr teuer, das ganze Gen zu sequenzieren können wir aktuell einige exprimierte Sequenzmarkierungen nutzen, um zu identifizieren, wo das Gen ist. Diese exprimierten Sequenzmarkierungen kennzeichnen das Gen und wir können es in einem Genom finden. Das ist großartig. Wir wissen, dass das Gen da oder nicht da ist. Aber der Schlüssel ist, wird es gegenwärtig in der Zelle exprimiert, für die wir uns interessieren? Das bringt uns zu einer weiteren phänomenalen Technologie, die sogenannten Microarrays oder allgemein bekannt als Biochips. Sie können ein genetisches Screening mit Biochips durchführen lassen.

01:44 Der Biochip ist ein computerähnlicher Chip, sehr klein.Sie könnten auf einer Art Objektträger oder eher auf einem Chip sein. Und auf diesem Chip befindet sich ein Netzwerk von winzig kleinen Loci, an die wir Sonden für die DNA anbringen können. Diese Chips enthalten ein ganzes Genom und wir stellen die Frage, welche Gene in der Zelle aktuell expremiert sind? Wenn wir zum Beispiel eine Muskelzelle untersuchen wollen, würden wir hoffen, dass diese Muskelzelle Aktin und Myosin exprimiert und daher hat die Boten-RNA die Aufgabe der Produktion und Übersetzung der Boten-RNA in das Myosin-Protein. Wir würden nicht erwarten, dass dies in einem Neuron expremiert wird. Einige Dinge werden im Genom exprimiert und manche Dinge gibt es nicht in jedem Zelltyp. Wir können diese Microarray-Chips verwenden, um zu sehen, was in dieser Zelle exprimiert wird oder wir können sie für eine vollständige genetische Analyse eines bestimmten Krebs basierend auf den Sequenzmarkierungen, die wir zur Identifizierung einzelner Nukleotid-Polymorphismen nutzen mit denen wir feststellen, wo eine Mutation häufig vorkommt.

03:19 So funktioniert es also.