Using Microarrays to Detect Cancers – Genomics

00:01 So funktioniert es also. Wir haben unseren Chip mit vielen kleinen Teilen von DNA, die aus ihm herausragen. Sie sind Sonden für DNA. Wir haben eine Kontrollprobe und eine experimentelle Probe. Nehmen wir an, wir würden Hautkrebs am Arm betrachten und es gibt Zellen, die normale Zellen sind. Wir werden diese als Kontrolle benutzen. Es gibt außerdem Zellen aus dem Inneren der Krebszelle. Wir nehmen Proben dieser Zellen und kultivieren sie. Und wenn sie kultiviert sind, können wir die Boten-RNA aus diesen Zellen extrahieren. Wir sagen, dass ein Gen, das tatsächlich exprimiert wird, transkribiert und translatiert wird. Nach dem Transkriptionsprozess erhalten wir eine Boten-RNA.

00:46 Wenn man die Boten-RNA nimmt, sagt sie: "Ja, wir exprimieren dieses Gen tatsächlich gegenwärtig in diesem Moment." Diese mRNA wurde also extrahiert und wir verwenden die reverse Transkription, um DNA-Kopien herzustellen.

01:00 Zudem wir verwenden eine Fluoreszenzmarkierung, sodass jede dieser DNA-Kopien fluoreszierend wird.

01:07 In diesem Fall verwenden wir Grün und wir verwenden Rot. Wir verwenden Grün für die Kontrollsituation und wir verwenden Rot für die Krebszellen. Und wir werden vergleichen, welche Gene in der normalen Zelle exprimiert werden und welche Gene in der Krebszelle exprimiert werden, um festzustellen, welche Art von Mutation vorliegt.

01:31 Wo liegt die Mutation für diesen Zustand? Hier haben wir jetzt eine Mischung aus Rot und Grün und wir werden das alles über einen Biochip oder DNA-Mikroarray laufen lassen und der Microarray-Chip wird bestimmte Punkte haben, die leuchten, weil wir DNA identifiziert oder markiert haben, die in der Zelle exprimiert wird und sie hybridisiert mit diesen kleinen Strängen, die aus dem Chip herausragen, die Sonden sind. Es gibt Sonden für das gesamte Genom und wir sehen dabei ein Bild wie dieses. Der Computer analysiert, welche Stellen leuchten und welche nicht leuchten. In diesem Fall sind die grünen Punkte, die wir sehen, die in den normalen Zellen exprimiert werden. Wir können identifizieren, dass dies ie Gene sind, die gegenwärtig in der normalen Zelle exprimiert werden und dann können wir uns die roten Flecken ansehen und sehen, dass dies Gene sind, die nur in den Krebszellen exprimiert werden. Und die gelben Gene schließlich sind Gene, die in beiden exprimiert werden. Rot wird nur in den Krebszellen exprimiert, Grün wird nur von den nicht-krebsartigen Zellen exprimiert und Gelb wird von beiden exprimiert.

02:56 Nehmen Sie sich einen Moment Zeit, um zu überlegen, welche Sie wirklich interessieren, wenn wir erkennen wollen, was in den Krebszellen anders abläuft als in den normalen Zellen? Nach welchen Farbsequenzen suchen wir bei der Genexpression? Wir suchen nach den Roten rechts. Wir stellen fest, dass die roten Zellen, die Krebszellen, dieses Gen exprimieren, während die nicht-krebsartigen Zellen es nicht tun. Das ist die DNA oder das Gen, das mit der Sequenz der Gene verbunden ist, denn es gibt eine Reihe von ihnen, die Sie auf diesem Microarray sehen können. Das ist die Sequenz, an der wir interessiert sind, der Unterschied zwischen den Krebszellen und den Nicht-Krebszellen Zellen. Wir können die Genfunktion und seine tatsächliche Expression mit diesen Microarray- Chips feststellen. Wirklich sehr coole Technologie. Super aufregende Dinge, die im Moment auf dem Gebiet der der Genomik passieren.

03:56 Ich hoffe, Sie finden dieses Material so interessant wie ich es tue. Inzwischen sollten Sie in der Lage sein, zu diskutieren, warum ein größeres Genom nicht unbedingt mehr Komplexität bedeutet sowie die Vielfalt der DNA-Typen zu charakterisieren, die wir im gesamten Genom finden und die Bedeutung der transponierbare Elemente bei der Modulation der Genexpression erkennen und auch erklären, warum einzelne Nukleotid-Polymorphismen nützlich für die genetische Analyse sind. Vielen Dank, dass Sie mir zugehört haben.